Ingénieur-chercheur en génomique computationnelle H/F
Commissariat A Le Energie Atomique
Grenoble, Auvergne-Rhône-Alpes, France
il y a 13j

Description de l'offre

Au sein du laboratoire FLO RE qui étudie comment une classe particulière de protéines (appelées facteurs de transcription) régule l’expression des gènes au cours du développement de la fleur.

La mission du chercheur sera d’utiliser et de développer des outils bio-informatiques pour répondre à des questions biologiques centrées sur les mécanismes de régulation des gènes.

Le but ultime est d'améliorer notre compréhension au point d'être capable de modéliser la dynamique de l'expression des gènes lors d'un processus développemental.

La régulation de l’expression des gènes peut être étudiée aujourd’hui à une échelle globale grâce à des techniques génomiques haut-

débit de type (ChIP-seq, ATAC-seq, RNA-Seq, DNAse-seq, Methylone, Hi-ChIP) qui fournissent des données issues du séquençage NGS (Next Generation Sequencing).

Les analyses concerneront la liaison des facteurs de transcription à l’ADN, l’influence des cofacteurs et de l’état chromatinien, la prédiction de l’expression des gènes, l’utilisation des nombreux génomes végétaux disponibles pour étudier l’évolution des régulations géniques et exploiter leur conservation.

Le travail se fera dans l’équipe FLO RE encadré par le responsable d’équipe et en collaboration avec un ingénieur d’études CNRS en bio-informatique.

Activités du poste :

  • Conception et réalisation d’analyses bio-informatiques et d’outils génériques en collaboration avec des biologistes de IRIG, centrés sur l'analyse de données issues de séquençage NGS.
  • Encadrement et co-encadrement de jeunes chercheurs (stagiaire, doctorant, ingénieur, post-doctorant).
  • Contribution à la diffusion des méthodes d’analyses dans IRIG, mutualisation des outils.
  • Profil du candidat

    Le / la candidat(e) recherché(e) devra être titulaire d'un Doctorat en bioinformatique ou en bioanalyse avec une forte composante en biologie, plus particulièrement en analyses bio-

    informatiques. Une première expérience post doctorale est souhaitée.

    Le / la candidat(e) recherché(e) dispose des connaissances suivantes :

  • connaissances en biologie (expression et régulation des gènes, exploitation de données génomiques)
  • connaissances des données générées par les technologies NGS
  • connaissance des méthodologies de bioinformatique et de bioanalyse permettant l'exploration des données NGS (programmation, intégration, analyses statistiques, représentation des données) et la création de programmes d'analyse de données de portée générale.
  • Une expertise scientifique en biologie computationnelle incluant l'utilisation de langages de programmation (R et Python, Bash), une expérience préalable dans l'analyse de données génomiques par des scripts à façon et la capacité à utiliser des serveurs de calcul sont requises.

    La capacité à communiquer en anglais est indispensable.

    Doté(e ) d'un esprit de service et de facultés d'adaptation, vous appréciez le travail en équipe.

    Formation recommandée

    Doctorat en bioinformatique

    01 / 09 / 2019

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