Ingénieur bioinformatique (H/F)
Ifremer
Roscoff, Bretagne, FR
il y a 2j

Description de l'offre

La SBR constitue un environnement scientifique et logistique idéal au développement du projet de l’équipe Génomique des Vibrios de par la présence des différentes plateformes technologiques auxquelles l’équipe a recours (bioinformatique, imagerie, cristallographie, service mer) et les projets de recherche fondamentaux développés dans les unités (écologie, biologie de microorganismes marins).

Réciproquement l’équipe enracine ses questions scientifiques et ses modèles expérimentaux dans les besoins de recherche appliquée que l’Ifremer doit mener (bactéries pathogènes d’huîtres).

Le poste s’intègre dans l’équipe du projet ERC advanced DYNAMIC qui vise à comprendre le rôle des phages dans la dynamique éco-évolutive de vibrios pathogènes d’huîtres creuses.

Sous la supervision de la responsable scientifique du projet, il / elle travaillera en étroite collaboration avec les membres de l’équipe pour l’analyse in silico des données.

Missions principales

  • Il / elle sera en charge des analyses de genomes, transcriptomes (vibrio / phage) ainsi que de métagenomes viraux.
  • Il / elle sera en charge de la traçabilité des données de séquençage, assemblage et du dépôt dans les banques de données dont Mage au CEA.
  • Un effort particulier sera demandé à la rédaction du cahier de laboratoire.
  • Il / elle participera aux réunions d’équipes ainsi qu’aux séminaires de laboratoire.
  • Activités principales

  • En utilisant la bioinformatique, il / elle caractérisera les genes candidats impliqués dans l'interaction vibrio-phage (récepteur, mécanisme de defenses et de contre attaque).
  • Il / elle caractérisera les différentes familles de gènes dans les génomes des phages et des bactéries ainsi que par la classification des gènes selon leur distribution, leur fonction et leur origine.
  • Il / elle étudiera l'évolution de gènes spécifiques afin de déchiffrer les relations supposées avec la biologie des espèces / souches / groupes, et à caractériser les éléments génétiques mobiles impliqués dans la résistance.
  • Une etude de métagénomique de phages permettra d’étudier la dynamique des phages à la fois au niveau temporel (échantillonnage une fois par jour pendant les bloom de V.
  • crassostreae) et spatial (huître versus eau de mer).

  • Une participation aux taches commune de l’équipe impliquera i) la mise à jour de notre site web ; ii) la mise à jour du stockage des données de séquençage et d’assemblage sur le site de la station et à Pasteur.
  • iii) la mise à jour de notre plate forme VibrioScope et Phage sur Mage (CEA).

    Il / elle bénéficiera des données expérimentales obtenues par les membres de l’équipe et sera co-supervisé par notre collaborateur Eduardo Rocha de l’institut Pasteur.

    Cette co-supervision impliquera de courts séjours à l’Institut Pasteur et des échanges réguliers par visio conférence.

    Champs relationnel

    En interne : Equipe du projet, (8 personnes), de l’unité LBI2M à Roscoff (100 personnes et de la station (350 personnes) diverses réunions et séminaires favoriseront les interactions.

    Des échanges réguliers auront lieu avec l’unité PFOM centre Ifremer Bretagne sites Plouzané / Argenton.

    En externe : (hors Ifremer et hors SBR) : CNRS, Institut Pasteur et CEA.

    Profil recherché

    PhD en génomique microbienne ou bioinformatique

    Compétences mises en œuvre

    Compétences techniques / métiers :

  • une bonne connaissance de la microbiologie, de l'écologie et de l'évolution
  • une forte expertise en bio-informatique du génome, notamment dans l'analyse des données relatives aux séquences d'ADN, ARN et de protéines
  • une bonne connaissance de l'analyse statistique et de la gestion des données biologiques (y compris les données multivariées)
  • une bonne connaissance d'au moins un langage de programmation (de préférence R ou Python)
  • Qualités personnelles

  • un enthousiasme élevé pour le projet proposé
  • désir d’apprendre, curiosité et adaptabilité
  • capacité à travailler en équipe et à communiquer
  • Conditions de travail

  • Travail essentiellement en bioinformatique, un ordinateur sera mis à disposition dans le bureau.
  • De courts séjours à l’Institut Pasteur pour formations et réunions de suivi de projet.
  • Toutes nos candidatures sont traitées via notre site carrière. Pour plus de renseignements sur le poste, envoyez votre mail à Frederique.

    Le.Roux ifremer.fr, responsable scientifique du projet ERC advanced DYNAMIC.

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