Chargé(e) d’analyse et d’expertise / Data Engineer / Data Scientist
Santé publique France
Saint-Maurice, France
il y a 6j

Covid-19

Afin de suivre l’évolution de l’épidémie de COVID-19, de nouveaux indicateurs de surveillance ont été mis en place au sein de l’agence.

En particulier, les résultats des tests biologiques d’infection au COVID-19, colligés dans la base SI-DEP, permettent de suivre, quasiment en temps réel, la dynamique des nouvelles infections en France.

C’est une des principales sources d’information de la surveillance de l’épidémie de COVID-19 en France.

La base SI-DEP s’enrichit chaque semaine de près d’un million d’enregistrements (PCR et sérologies) transmis par les laboratoires de métropole et d’outre-mer.

Plus récemment une base de données a été mise en place pour suivre l’évolution de la vaccination sur le territoire français.

Cette base, en construction, permet de suivre très précisément l’évolution de la vaccination parmi les différentes catégories de population ciblées pour cette campagne à très grande échelle.

La personne recrutée aura pour missions principales de contribuer à la gestion de ces bases de données, à l’optimisation du traitement des données, à la construction et à la restitution d’indicateurs épidémiologiques.

En parallèle, la personne recrutée pourra être amenée à intervenir en soutien à l’exploitation d’autres bases de données gérées par la DATA.

Activités

Sous l’autorité du responsable d’unité et en lien étroit avec les équipes projet SI-DEP et VAC-SI et la Direction des systèmes d’information, les activités du chargé d’analyse et d’expertise seront notamment :

  • Assurer la gestion, le traitement et la restitution des données de SI-DEP et de vaccination : Accompagner le système de gestion des données et des pipelinesOrganiser et préparer les donnéesExplorer et proposer les moyens technologiques pour améliorer la qualité et la fiabilité des donnéesIdentifier les possibilités d'acquisition et d’intégration de nouvelles donnéesConstruire les indicateurs de surveillance (définition, implémentation, interprétation) en R, Python, Jupyter NotebookRéaliser des analyses statistiquesDévelopper des outils pour la restitution des indicateurs : mise à disposition internes et externes (exports, API), outils de visualisation (applications R-Shiny Dash - Bokeh) et de reporting (RMarkdown)Rédiger des notes méthodologiques pour décrire les traitements réalisés
  • Intervenir en soutien sur la gestion, le traitement, l’analyse et la restitution d’autres bases de données gérées par la DATA, notamment pour la surveillance de l’épidémie de COVID-19
  • Contribuer à la réflexion sur la modernisation des outils de data science pour la préparation, l’exploration, le stockage et la restitution des données
  • Contribuer à la valorisation des résultats en lien avec les épidémiologistes et les statisticiens : Communiquer des résultatsRédiger des bulletins, rapports d’études et d’articles scientifiques.
  • La personne recrutée participera à la continuité d’activité au travers des permanences hebdomadaires et des astreintes de week-end sur le périmètre de ses activités dans le cadre de l’épidémie de COVID-19.

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